La politique conduite par l'ARS Bourgogne-Franche-Comté pour les personnes en situation de handicap se concentre sur la prévention, l'autonomie et le maintien à domicile (pour les personnes en situation de handicap vivant chez elles). Pour les personnes vivant en en établissement social et médico-social, il s'agit de développer des actions en fonction du diagnostic réalisé préalablement à la rédaction du Contrat pluriannuel d'objectifs et de moyens liant l'établissement à l'ARS Bourgogne-Franche-Comté.
